Много вопросов касательно структуры создания. Полностью поддерживаю идею о том, что структура должна строиться в едином формате для всех однотипных подразделений. Я не работаю в ГПН, но работаю с ними. Я не работаю в СУ, но тут даже не знаю чем они отличаются от всех остальных. Конечно в таком контексте я не смогу пояснить точно, что вам нужно вводить. НО дальше я постараюсь пояснить каким образом влияет структура на работу и возможности программы в целом. Мне кажется это поможет вам понять как именно нужно действовать и возможно составим концепцию или некий план:
1) Если вы добавили лишнее подразделение в структуру ничего страшного, надо будет удалим в любое время.
2) Каждое введенное подразделение в структуру позволяет данному подразделению:
а) Вводить информацию
б) Смотреть отчеты/другую информ. за какой-то блок районов(Допустим имеем два района города: Кировский и Ленинский. Есть подразделение - Центральное, которое контролирует работу именно ЭТИХ двух районов. Это означает, что в структуре отдельным пунктом должно быть введено подразделение Центральное, а при вводе районов Кировский и Ленинский необходимо указать вышестоящий орган: Подразделение Центральное). Ещё поясню этот пункт ответив на вопрос "А почему ГУ не может следить за этими двумя районами?". У вас есть порядок работы, т.е. есть подразделение Центральное, которое контролирует работу этих двух районов - это в жизни так. Для просты работы и чтобы полномочия у каждого свои остались, пусть это же подразделение и в программе следит за ними. Файлы объединения данных они будут присылать непосредственно ему(Центральному). А оно уже отправлять всё в ГУ(или куда там выше).

Это было в общем про подразделения. Теперь про отделы в ГУ. Т.е. в ГУ могут быть, как писали выше: отдел государственного пожарного надзора, отдел государственного надзора в области ГОиЧС, отдел нормативно-технический лицензирования и сертификации и т.д..
Проведу аналогию с тем, что писал выше. Вы хотите в дальнейшем открыть программу и выбрать какие-либо документы составленные ТОЛЬКО отделом лицензирования(к примеру взял)? Если да, то вводите его отдельным отделом/другой записью. Если нет можете просто ввести всех инспекторов этого отдела в какой-то самый главный отдел ГУ.
Но тут есть нюанс. Могут ли сотрудники отдела 1(к примеру) проверять тот же объект, что и сотрудники отдела ГУ ГПН(отдел2)? Если да, то нужно вводить только один отдел! Поясню. Это нужно для того, чтобы инспектор отдела1 и инспектор отдела2 мог корректировать данные по одному и тому же объекту и этот объект не двоился в сводной БД. А то получится: видим два объекта "ООО Иванушка ул. Грибоедова 1" и "ООО Иванушка ул. Грибоедова 1". В одном информация из отдела1, а в другом информация из отдела2. Конечно информация соединиться в общей БД автоматически, но всё же "симпотичней на мой взгляд" сделать чтобы "ООО Иванушка ул. Грибоедова 1" была одна.